Posteriormente se trasladó a la Base Naval de Rota, donde Monseñor Juan del Rio, acompañado por el comandante de la Fragata "Victoria" mantuvo un encuentro a bordo del buque con personal de marinería y cuadros de mando de las distintas dotaciones de la Flota, que en ese momento se encontraban en puerto. En dicho coloquio, el Arzobispo Castrense les habló de la figura del Capellán Castrense, de la labor que realiza sobre todo en la Armada y contestó a las preguntas que le formularon los distintos asistentes.

Al finalizar la visita, fue recibido por el Almirante de la Flota, Juan Rodríguez Garat y el Almirante de la Base,  Santiago Ramón González Gómez, con quienes conversó sobre las preocupaciones pastorales del Servicio de Asistencia Religiosa